1988年1月 CBR400RR（NC23)
CBR400R テラブルー×ファイティングレッド
CBR400R グラニットブルーメタリック
●エンジン︰水冷4ストローク4気筒DOHC4バルブ ●総排気量︰399cc ●内径×行程︰55×42mm ●最高出力︰59PS／12500rpm ●最大トルク︰4.0kg-ｍ／10000rpm ●変速機︰6段リターン ●全長×全幅×全高：2020×690×1110㎜ ●軸距離：1370㎜ ●燃料タンク容量︰15ℓ ●乾燥重量︰162㎏ ●タイヤ前・後︰120/60-17・150/60-18●車体色：テラブルー×ファイティングレッド、グラニットブルーメタリック ●発売当時価格︰6990009円
1988年7月 CBR400RR（NC23)
新色のセイシェルナイトブルー×パールクリスタルホワイトが加わり3色のラインアップに。
CBR400RR セイシェルナイトブルー×パールクリスタルホワイト
1988年12月 CBR400RR（NC23)
カラーを変更。ブラック系のみアンダーカウルに書かれていたHurricaneの文字がなくなった。また、1989年6月ごろに新色のパールクリスタルホワイト×テラブルー×セーシェルナイトブルーを追加し（正式な発売リリースが出されていないようで詳細は不明だが1989年9月発行の総合カタログには新色として掲載されている）、3色のラインナップは変わらず。
CBR400RR パールクリスタルホワイト×テラブルー×ファイティングレッド
CBR400RR グラニットブルーメタリック×ブリッツグレーメタリック
CBR400RR パールクリスタルホワイト×テラブルー×セーシェルナイトブルー
1990年3月 CBR400RR（NC29)
エアクリーナーからキャブ、吸気ポートまでをほぼ一直線化し、新型ニュースラントキャブやコンピュータ制御のPGMイグニッションの新採用、軽量化されたニューピストン、シリンダーとアッパークランクケースの一体化などによってエンジンを大幅に変更。あわせてフレームもLCG（Low Center of Gravity=低重心）ツインチューブアルミフレームとなり、スイングアームはキャスティックガルアーム、ホイールは6本スポークのアルミホイールなど最初にして最後のフルモデルチェンジを行なった。
CBR400RR グラニットブルーメタリック×ワンダーライトシルバーメタリック
CBR400RR ファイティングレッド×パールクリスタルホワイト
●エンジン︰水冷4ストローク4気筒DOHC4バルブ ●総排気量︰399cc ●内径×行程︰55×42mm ●最高出力︰59PS／13000rpm ●最大トルク︰4.0kg-ｍ／10000rpm ●変速機︰6段リターン ●全長×全幅×全高：1990×670×1080㎜ ●軸距離：1365㎜ ●燃料タンク容量︰15ℓ ●乾燥重量︰162㎏ ●タイヤ前・後︰120/60-17・150/60-18 ●車体色：グラニットブルーメタリック×ワンダーライトシルバーメタリック、ファイティングレッド×パールクリスタルホワイト ●発売当時価格︰669000円
1990年6月 CBR400RR（NC29)
新色のパッションレッド×ヘビーグレーメタリックUを追加し3色に。
CBR400RR パッションレッド×ヘビーグレーメタリックU
1991年1月 CBR400RR（NC29)
パッションレッド×ヘビーグレーメタリックUに代わり、新色のグラニットブルーメタリック×ヘビーグレーメタリックを追加。
CBR400RR（NC29) グラニットブルーメタリック×ヘビーグレーメタリック
1992年4月 CBR400RR（NC29)
ブラッシュ模様を採用した新グラフィックに変更。
CBR400RR パールクリスタルホワイト×ディオニサスブル−
CBR400RR ピュアブラック
1993年12月 CBR400RR（NC29)
最終型はカラー変更と、新馬力自主規制値に合わせ、カム形状、吸排気系、圧縮比を変更し、中低速でのトルク特性やレスポンスを向上させた。フロントウインカーにポジションランプが内蔵され、バックミラーは曲面率の変更により後方視界を広げた。
CBR400RR ロスホワイト×ジョーケイブルーメタリック
CBR400RR ロスホワイト×ファイティングレッド
●エンジン︰水冷4ストローク4気筒DOHC4バルブ ●総排気量︰399cc ●内径×行程︰55×42mm ●最高出力︰53PS／13000rpm ●最大トルク︰3.6kg-ｍ／10000rpm ●変速機︰6段リターン ●全長×全幅×全高：1990×670×1080㎜ ●軸距離：1365㎜ ●燃料タンク容量︰15ℓ ●乾燥重量︰164kg ●タイヤ前・後︰120/60-17・150/60-18 ●車体色：ロスホワイト×ジョーケイブルーメタリック、ロスホワイト×ファイティングレッド ●発売当時価格︰739000円
[THE444RR大全その2 VFR/RVF|その3 CBR-RR｜その4 FZ/FZR]