1996年12月15日　改良

CB400SUPER FOUR Version S

スタンダードモデルのスーパーフォアの改良と同様に、バージョンSもリアカウルの形状、シート形状とシート表皮などを改良するとともに、新たにブレンボ製の異径4ポッドキャリパーがフロントブレーキに採用されグレードアップ。

他にもメーターパネルは赤文字になり、サイドカバーは車体と同色化、燃料タンクの上部には太い2本のストライプラインとデザインされたVersion Sのロゴを入れるなど、よりスポーティなイメージを強調。

翌1997年の7月1日には、新色のスパークリングシルバーメタリックとキャンディタヒチアンブルーを追加し、バージョンSは全5色のラインナップとバリエーションが増加した。

1997年7月1日発売　限定車

CB400SUPER FOUR Version S　Limited Edition

バージョンSに新色のスパークリングシルバーメタリックとキャンディタヒチアンブルーが追加された同日にリミテッドエディションを500台の限定で発売。

キャンディタヒチアンブルーのバージョンＳをベースに、タンク上に白く太い2本のストライプを入れ、ホイールをホワイトとしたリミテッドエディションながら、価格はスタンダードモデルと同じ599000円であった。

1998年7月1日　限定車

CB400SUPER FOUR Version S　50th Anniversary Special

ホンダ創業50周年を記念したバージョンSベースの500台限定車。

クラシカルホワイトのボディに、真紅のストライプを配したカラーリング、ゴールドホイール、レッドリアサススプリング、カーボンパターンのシートサイド、50周年記念エンブレム、スペシャルキーなどを特別装備。これでも価格は通常版と変更ない599000円。

ちなみにこの限定車、ひらがなで書くと「しいびいよんひゃくすーぱーふぉあばーじょんえすごじゅうしゅうねんあにばーさりーすぺしゃる」と44文字（読み方によっての増減はあるが）と名前が長いバイクとしても知られた存在。