2004
ZRX1200R(A4)
2004年2月20日発売、ARK限定車3月15日発売(1,015,000円)。
2004年モデルは騒音、排出ガス規制対応のため各部を大幅に変更。エキゾーストがステンレスのバフ掛け、フロントディスクインナーローターデザインの変更、フルスケールメーター、イモビライザーの標準装備等が行なわれた。エンジンは吸排気系の仕様変更により、最大トルク発生回転数が3500rpmと大幅に下がっているが、トルクカーブに変更はなく、乗った印象もそれほど変わらないという。燃料タンク容量も減少しているが、計測値の関係でタンク自体に変更はないなどのマニアックな詳細はZRXマニアックス「2004年モデル、スペックの謎」を参照。ARK限定車は、専用カラーとBEETのチタンサイレンサーを装備したARK店200台限定販売モデル。なお、ZRX1200Sはこの年が最終モデルとなった。
ZRX1200R ARK限定車(A4)
ZRX1200S(B4)
2005
ZRX1200R(A5)
2004年12月25日発売。カラー&グラフィックの変更に加え、アルミ製ハンドルを採用し、ヘッドカバーとクランクケースカバーがカッパー色、フロントフォークアウターチューブがシルバー、フレームはストイックブラックに塗装が変更された。価格は1,023,750円にアップ。
2006
ZRX1200R(A6F)
2005年12月26日発売。限定車2006年3月20日発売(1,065,750円)。この年のモデルからマーケットコードにFが追加されたが、変更点はカラー、グラフィックのみ。カワサキ正規販売店限定車は専用カラー、シルバーホイールの専用色とBEET製カーボンサイレンサーを装着した200台の限定車。
ZRX1200Rカワサキ正規販売店限定車(A6F)
2007
ZRX1200R(A7F)
2006年12月15日発売。メタリックディアブロブラックは2007年3月20日追加。カラー&グラフィックを変更した他、フロントフォークアウターチューブ、ディスクインナーローター、リアサス、スイングアーム、エキセントリックカム、エンジンカバーなどがブラック化された。
2008
ZRX1200R(A8F)
2007年12月24日発売。カラー、グラフィックの変更とタンクエンブレムを変更。2008年3月20日にキャンディーライムグリーンが追加され、このカラーがZRX1200Rの最終型となった。