2004 GSX1300R K4
JS1GW71A 42100001〜
GSX1300RZK4(特別色)JS1GW71A 42100001〜
カラーリングを変更。黒フレームの恒例限定カラーは、YC2:Candy Grand Blue とYU7:Pearl Crystal Redの2色を発売(共に写真は無し)。
なお、2004年モデルから、黒フレーム、黒スイングアームモデル(2007年以外は限定車)の社内呼称にはRの後にZが追加された。
2005 GSX1300R K5
GSX1300RK5 JS1GW71A 52100001〜 GSX1300RZK5 (特別色)JS1GW71A 52100001〜
タンクエンブレムがSマークに
セルモーターが稼働している時に、ヘッドライトが自動的に消灯しバッテリーを保護する機能を追加。
外装では車体色の変更以外に、ウインカーレンズがクリアタイプとなり、タンクマークエンブレムがズズキマークの“S”になった。限定色はYHF:Metallic Phantom Gray(写真無し)。
2006 GSX1300R K6
GSX1300RK6 JS1GW71A 62100001〜 GSX1300RZK6(特別色) JS1GW71A 62100001〜
2006年はカラーリングの変更のみ。限定色は初めてホワイトが登場。
2007 GSX1300R ZK7
GSX1300RZK7 JS1GW71A 72100001〜
初代の最終型
初期型の最終モデルとなる2007年型は、限定カラーの特徴であった黒フレームと黒スイングアームを採用。
カラーはグラフィックのないソリッドカラーのみの3色で、限定色は設定されていない。
東京モーターショーには新型の2008年モデルが展示され大いに注目された。