2002年以降、モデルチェンジどころかカラーリングも変更されないという、スーパーカブ史上最長級の放置の後、ついに山は動いた。二輪史上最も厳しい平成18年度排出ガス規制に対応するため、スーパーカブ（というブランド）では初となる電子制御燃料噴射装置PGM-FIを装備してモデルチェンジをおこなった。
外見はクランクケースカバーのブラック化、マフラーガード形状の変更程度であり、フルモデルチェンジと思えないが、エンジン周りはPGM-FI化による各種補機やセンサー類の追加、エキパイ内にキャタライザーを内蔵など大幅に変更された他、フリクション低減のためオフセットシリンダー、ローラーロッカーアーム、ピストン3条痕の新採用など、大きな改良が加えられた。
スタンダード（204,750円）、デラックス（215,250円）、カスタム（236,250円）、プレスカブスタンダード（221,550円）、プレスカブデラックス（236,250円）と50シリーズのラインナップは変更なく継続されたが、90は排出ガス規制への対応が行なわれず、2002年モデルが継続販売された。
排出ガス規制対応がされなかった90は、フルモデルチェンジをおこなった。
PGM-FIとキャタライザーにより平成19年度排出ガス規制をクリアする手法は50と同様だが、従来のボディデザインをそのまま引き継いで環境対応のみを行なった50とは異なり、スーパーカブシリーズのデザインを損なうことなくシリーズ初となる新設計のパイプバックボーンフレーム（従来はバックボーン+プレスフレーム）を採用し、フロント周りもボトムリンク式からテレスコピックフォークとなった。
他にも変速時のショックを低減する2段クラッチや、ピストンにオイルを噴射し冷却効果を高めたオイルジェットなど、今までの国内仕様のスーパーカブにはなかった新機構が採用された。
またハンドルロックがメインキー一体式、ウインカースイッチが一般的な左側配置の水平タイプに変更されたこともスーパーカブ史上のエポックメイキングな出来事といえよう。
車体色はスーパーカブのイメージカラーとも言えるコスタブルーとアバグリーンの2色。従来のようにデラックスやカスタムといったバリエーションは設定されないモノクラス制となったが、10月にはかつての郵政仕様MDを彷彿とさせるような前後14インチ、フロントバスケット付の一人乗り専用のビジネスモデル、スーパーカブ110プロ（289,800円）がラインナップされた。このモデルは民営化された日本郵便の配達用にも採用され、MD系との世代交替が進んでいる。
ビジネスイメージのコスタブルーとアバグリーンのみだったスーパーカブ110に、オシャレなコルチナホワイト（2010年2月）とパステル調のプコブルーR、バージンベージュR（2010年10月）が追加され現行モデルは5色のラインナップに。カラーリングが変わるだけでこれだけイメージが変わるスーパーカブもスーパーカブ史上希な一台。価格は変更なく249,900円。110プロに変更なく、コスタブルーのみの設定。
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