「アルティメイト（究極の）スポーツ」をコンセプトに製作された、GSX1300R HAYABUSA。そのコンセプトが示すように、最高速のみを追求せず最高の総合性能を具現化した。パワーユニットは新開発の水冷4ストローク4気筒DOHC4バルブで、スズキのスーパースポーツフラッグシップモデルGSX-R1100を上回る1298.6ccで175psというハイスペックで登場し、世界を驚かせた。そしてスペック以上に話題となったのが、性能を優先した独特な形状を持つデザインだった。否定的な意見も少なくなかったが、それまでの最高速ホルダーであったCBR1100XXブラックバードの295km/hを大きく上回るギネスブックに公認された312.6km/hという絶対性能に裏打ちされた姿は、まさにコンセプトを具現化した究極の機能美としてやがて広く世界に浸透していった。欧州を始めとして北米、豪州、カナダなどにも輸出され、国内への逆輸入も多かった。

翌年は車体色の変更。グラフィックは同じだがイメージカラーのM9Sに変わりCN5が登場。M9Uも黒からグレーに変更。M9Tは継続された。写真はないが、YD8(Metallic Sonic Silver）がカナダ向けに200台限定で発売された。

1999〜2000年、ハヤブサベースのマシンで全日本ロードレースに参戦したヨシムラ。最高6位とリザルトに好戦績を刻むことは出来なかったが、ワークスRVF、YZR-R7、GSX-R750、ZX-7RRを相手によく戦った。「ただ勝つだけがレースではない。我々はこういう挑戦も出来るんだ」ヨシムラの総帥、吉村不二雄氏の言葉である。そして2000年、そのノウハウをフィードバックしたコンプリートマシンが、ヨシムラX1。オリジナルの外装に、ハイコンプピストン、ST1カムでチューン、すべてがほぼ手作りの100台限定、256万円でヨシムラから発売された。

欧州の速度規制に対応すべくスピードメーターの表示が350km/hから300km/hに変更され、メーター上にストッパーも付けられた。ECUなど電装系の変更、電磁ポンプはタンクに内蔵された。

欧州仕様は排出ガス規制に対応するため、ECUの強化と、O2フィードバックシステム（センサー）が新たに採用された。限定車はフレーム、スイングアーム、フロントキャリパーが黒アルマイトとなった北米仕様240台限定の日本向けYU8(Metallic Flint Gray)と、写真はないが北米向けのO19(Sold Blak)が用意された。

グラフィックを変更。限定車は前年と同じ仕様のO19が欧州向けに、日本向けのYARと、鮮やかな銅色が美しいアメリカンスズキモーター社（ASMC）40周年記念限定車のYAVが北米で発売された。

カラーリングを変更。恒例の黒フレーム限定車は、東京モーターショーに参考出品された北米仕様240台限定の日本向けYC2と、写真はないが北米、カナダ向けの真っ赤なYU7（Pearl Crystal Red）の2色を発売（共に写真はなし）。なお2004年から限定車の型式呼称にはZが追加されGSX1300RZK4と表記された。

エンジン始動時にヘッドライトが自動消灯してバッテリーを保護する機能を追加。ウインカーレンズがクリアタイプとなり、タンクマークエンブレムがズズキマークのSになった。写真はないが、限定色はYHF（Metallic Phantom Gray)を発売した。

カラーリングの変更のみ。限定色は白いCZZが設定された。

第一世代の最終モデルはグラフィックの入らないソリッドカラーとなり、限定車のトレードマークであったフレーム、スイングアームの黒塗りがレギュラーモデルに採用された。ゆえに限定車は設定されなかった。